糠酸莫米松凝胶的禁忌主要包括对药物成分过敏者、皮肤感染未控制者以及特殊人群等。具体使用需严格遵循医生指导，避免自行用药引发不良反应。
对糠酸莫米松或凝胶辅料过敏者禁用该药物，使用后可能出现皮肤红肿、瘙痒或灼热感等过敏反应。皮肤存在细菌、病毒或真菌感染（如疱疹、水痘、皮肤结核等）时也需避免使用，因糖皮质激素可能抑制局部免疫反应，加重感染扩散风险。此外，皮肤溃疡、创面及黏膜部位不宜涂抹，以免影响愈合或增加全身吸收风险。
婴幼儿皮肤屏障功能较弱，长期大面积使用可能增加全身性副作用，如库欣综合征，因此2岁以下儿童需谨慎使用。孕妇及哺乳期妇女的安全性尚未明确，需由医生评估利弊后决定是否用药。用药期间若出现刺激症状或感染加重，应立即停用并就医处理。