头孢呋辛酯和头孢克肟在抗菌谱、适应症、药代动力学等方面存在差异，需根据具体感染类型选择用药。两者均属于头孢菌素类抗生素，但分属不同代际，抗菌活性及临床应用有所不同。
头孢呋辛酯为第二代头孢菌素，对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等活性较强，同时对部分革兰阴性菌如流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌有效。其常见剂型包括片剂和颗粒剂，主要用于治疗中耳炎、鼻窦炎等上呼吸道感染，以及皮肤软组织感染。该药物需在体内水解为头孢呋辛后起效。
头孢克肟属于第三代头孢菌素，对革兰阴性杆菌如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌的抗菌活性显著增强，但对葡萄球菌的抗菌作用弱于第二代。其口服生物利用度较高，半衰期较长，可实现每日1-2次给药，常用于治疗支气管炎、肺炎等下呼吸道感染，以及单纯性尿路感染。该药物对产β-内酰胺酶的菌株具有更好的稳定性。
在不良反应方面，两者均可引起腹泻、皮疹等常见反应，但头孢克肟因对肠道菌群影响较大，腹泻发生率相对更高。特殊人群用药时需注意，头孢克肟在肾功能不全者中需调整剂量，而头孢呋辛酯的剂量调整则相对简单。临床选择时应结合病原菌敏感性、感染部位及患者个体情况，严格遵循抗菌药物使用原则，避免滥用导致耐药性产生。具体用药方案建议在医生指导下确定。