六君子丸与香砂六君子丸在药物组成、功效侧重以及适用证型方面存在差异。两者均属中医补益类方剂，但具体应用需根据患者体质和症状进行选择。
六君子丸由党参、白术、茯苓、甘草、陈皮、半夏组成，主要功效为补气健脾、燥湿化痰，适用于脾胃虚弱兼痰湿证，常见食少便溏、胸脘痞闷等症状。香砂六君子丸在此基础上增加木香、砂仁两味药材，强化了行气化滞的功效，更适用于脾胃气虚兼气滞证，在脾虚基础上伴有脘腹胀满、嗳气频作等气机阻滞表现。
在药物组成差异方面，香砂六君子丸增加的木香能理气调中，砂仁可化湿行气，两者协同增强理气作用。六君子丸侧重补脾祛湿，香砂六君子丸则补中有行，更适合虚实夹杂证候。临床应用时，单纯脾虚痰湿选六君子丸，兼有气滞胀满则宜用香砂六君子丸。
选择药物时需经中医师辨证，注意香砂六君子丸中的辛温药材可能不适合阴虚火旺体质。服药期间应忌食生冷油腻，若服用两周症状未改善需调整治疗方案。特殊人群如孕妇、儿童使用前应咨询专业医师。