新生儿先天性心脏病的生存时间与病情严重程度、是否及时治疗等因素有关，存活时间可能从数月到与正常人寿命相当。部分轻微缺损的患儿在及时干预后，通常可正常生长发育，而严重复杂畸形未经治疗可能存活数周至数月。
1、病情严重程度
房间隔缺损、室间隔缺损等简单先天性心脏病，若缺损直径小于5毫米，存在自然闭合可能，通常不会显著影响生存周期。法洛四联症、大动脉转位等复杂心脏畸形，若未接受手术治疗，多数患儿可能在1岁内因心力衰竭、严重缺氧导致死亡。
2、治疗时机与方法
动脉导管未闭患儿在出生后3-6个月进行封堵术，远期生存率与健康人群无显著差异。完全性肺静脉异位引流等复杂畸形，出生后1个月内完成矫治手术者，5年生存率可达85%以上。医疗条件不足时，未及时手术的严重先心病患儿存活时间通常不超过2年。
3、并发症影响
合并肺动脉高压的室间隔缺损患儿，若在2岁前未进行缺损修补，可能继发艾森曼格综合征，此时手术禁忌会导致存活时间缩短至10-20年。反复肺部感染、感染性心内膜炎等并发症，可能使未经治疗的患儿存活期缩短30%-50%。
建议出生后完善心脏彩超明确畸形类型，在心血管外科医生指导下制定治疗方案。目前我国新生儿先心病手术成功率已达95%以上，多数患儿通过规范化治疗可获得良好预后，家长应保持积极治疗态度，定期随访监测心功能发育情况。