鼻咽喉镜检查通常不会造成剧烈疼痛，但可能会有轻微不适感。多数患者可以耐受这种不适，具体感受因人而异，主要与医生操作手法、个人耐受度以及检查时的配合程度有关。
医生操作手法对检查体验影响较大。熟练的医生会使用表面麻醉剂降低鼻腔敏感性，并通过轻柔动作减少器械对黏膜的刺激。检查器械直径通常只有3-4毫米，采用柔性光学纤维材料制成，具有良好的弯曲性能，能顺应人体腔道自然弧度。
个人耐受度存在明显个体差异。约60%-70%患者反映仅有异物感或轻微酸胀，约20%患者可能出现短暂恶心反射，这在咽喉部检查时较为常见。焦虑紧张会显著降低疼痛阈值，保持放松状态可使不适感降低30%-40%。
检查过程中需要配合医生指令进行吞咽、屏气等动作。当镜体通过鼻咽部狭窄区域时，采取深呼吸配合可使通过时间缩短至2-3秒。检查全程约需3-5分钟，及时反馈不适感有助于医生调整操作。
检查前1小时建议禁食，穿着宽松衣物。有严重鼻中隔偏曲或凝血功能异常者需提前告知医生。现代电子鼻咽喉镜配备高清成像系统，能快速完成检查并获取清晰诊断图像，对于早期发现咽喉部病变具有重要价值。