枯草芽孢杆菌主要用于调节肠道菌群、缓解腹泻以及辅助治疗部分感染性疾病。其作为益生菌制剂，在临床上可应用于肠道菌群失调、感染性腹泻、抗生素相关性腹泻、消化不良以及湿疹等疾病的辅助治疗，但需遵医嘱使用。
1、肠道菌群失调
枯草芽孢杆菌能够通过定植在肠道内，抑制致病菌如大肠杆菌、沙门氏菌的生长，恢复肠道微生态平衡。它通过分泌细菌素、有机酸等物质改变肠道环境，适用于因长期使用抗生素或饮食不当导致的菌群紊乱。
2、感染性腹泻
该菌株可竞争性抑制轮状病毒、致病性大肠杆菌等病原体对肠黏膜的黏附，同时刺激肠道分泌免疫球蛋白A，增强局部免疫力。临床常与口服补液盐联合用于细菌或病毒引起的急性腹泻。
3、抗生素相关性腹泻
长期使用广谱抗生素易导致艰难梭菌过度增殖引发腹泻。枯草芽孢杆菌通过分泌抗菌肽抑制艰难梭菌，并能促进双歧杆菌等有益菌增殖，有效降低腹泻发生率和严重程度。
4、消化不良
该益生菌能促进胰蛋白酶、脂肪酶等消化酶分泌，帮助分解乳糖、蛋白质等大分子营养物质。对于功能性消化不良引起的腹胀、嗳气等症状，联合使用可改善肠道运动功能和营养吸收。
5、湿疹辅助治疗
肠道菌群紊乱与特应性皮炎密切相关。枯草芽孢杆菌通过调节Th1/Th2免疫平衡，减少组胺等炎性介质释放，对婴幼儿湿疹等过敏性疾病可发挥辅助治疗作用，常与抗组胺药物联合使用。
使用枯草芽孢杆菌制剂需注意与抗生素间隔2小时服用，避免高温冲服。治疗过程中如出现皮疹、呕吐等不良反应应立即停药。需特别注意的是，严重免疫缺陷患者、中心静脉导管留置者应禁用活菌制剂，防止发生菌血症等并发症。