XYY综合征的治疗方法主要包括教育干预、行为疗法、药物治疗、心理支持以及其他医疗措施，需根据个体情况制定方案。患者通常存在发育、行为或心理等方面的差异，需多学科协作干预。
1、教育干预
针对学习困难或发育迟缓的患儿，可制定个性化教育计划，例如延长学习时间、强化语言训练或使用视觉辅助工具。学校可通过小班教学、一对一辅导等方式帮助患者提升专注力和社交技能，同时配合职业治疗师改善精细动作能力。
2、行为疗法
对于冲动控制障碍或情绪管理困难者，常采用认知行为疗法进行干预。治疗师通过角色扮演、情绪识别训练和正向强化策略，帮助患者建立规则意识，减少攻击性行为。家长同步参与培训可提高家庭支持效果。
3、药物治疗
当合并注意力缺陷多动障碍时，医生可能开具哌醋甲酯控释片、托莫西汀胶囊等药物改善注意力。若出现焦虑或抑郁症状，可使用舍曲林片、氟西汀胶囊等抗抑郁剂，但需定期评估药物反应。
4、心理支持
建立长期心理咨询关系有助于缓解患者的自我认同困惑，尤其青春期阶段需加强心理疏导。支持小组活动能帮助患者学习社交技巧，艺术治疗或运动疗法可作为情绪宣泄的补充方式。
5、其他医疗措施
定期监测身高、体重等生长发育指标，对骨龄超前或脊柱侧凸者需骨科评估。内分泌异常如睾酮水平低下时，应在儿科内分泌科指导下进行激素替代治疗，同时筛查代谢综合征风险。
患者应定期到儿科、神经内科或遗传科随访，18岁后需转诊至成人科室。治疗过程中需注意避免过度医疗，任何药物使用必须严格遵循医嘱，家长应接受遗传咨询了解再发风险。早期发现语言发育迟缓或运动协调障碍时，及时开展康复训练可获得更好预后。