皮样囊肿和表皮囊肿在病因、组织成分、发生部位及临床表现等方面存在差异。前者属于先天性发育异常，后者多为后天表皮植入所致，需通过病理检查明确诊断。
1、病因差异
皮样囊肿通常由胚胎发育时期外胚层组织残留引起，属于先天性病变。表皮囊肿多因皮肤外伤或毛囊阻塞导致表皮细胞植入真皮层，属于后天获得性病变。
2、组织结构区别
皮样囊肿囊壁包含皮肤全层结构，含有毛囊、皮脂腺、汗腺等皮肤附属器，囊内容物为角质碎屑混合皮脂和毛发。表皮囊肿囊壁仅为复层鳞状上皮，内容物以层状排列的角质为主，无皮肤附属器结构。
3、发病部位差异
皮样囊肿好发于头面部中线区域，如眼眶周围、鼻根部等胚胎闭合线部位。表皮囊肿常见于皮肤易受摩擦或外伤部位，如背部、臀部、四肢等区域。
4、临床表现不同
皮样囊肿触诊呈韧性包块，可随年龄缓慢增长，部分可触及明显波动感。表皮囊肿中央常见特征性黑点（扩张的毛囊孔），易继发感染形成红肿疼痛的脓性囊肿，部分可能自行破溃。
若发现体表异常肿物，建议尽早就诊皮肤科或普外科。通过超声、CT等影像学检查可初步鉴别，最终确诊需依赖病理组织学检查。两种囊肿均需手术完整切除，皮样囊肿需注意彻底清除囊壁防止复发，表皮囊肿感染期需先控制炎症后再行切除术。