黄连清胃丸和清胃黄连丸名称相似但药物组成及功效存在差异。两者的区别主要体现在药物成分、功效侧重以及适应症等方面，需在医生指导下辨证使用。
1、药物成分不同
黄连清胃丸以黄连、升麻、牡丹皮、当归等为主，侧重清热泻火；清胃黄连丸则含有黄连、知母、天花粉、连翘等，兼具清热与滋阴功效。两者虽均以黄连为君药，但配伍药材不同，作用机制存在差异。
2、功效侧重不同
黄连清胃丸专攻清胃泻火，适用于胃火炽盛引起的牙龈肿痛、口舌生疮；清胃黄连丸在清热同时兼顾滋阴生津，更适合胃火亢盛伴有口干舌燥、烦热等阴虚症状者。前者偏重祛实火，后者注重虚实兼顾。
3、适应症差异
黄连清胃丸常用于急性胃热证，如暴饮暴食后出现的口臭、便秘；清胃黄连丸多用于慢性胃热伤阴证，如长期熬夜或嗜食辛辣导致的反复口腔溃疡伴咽干。两者虽均属清热剂，但针对病机阶段不同。
需注意这两种中成药均性味苦寒，脾胃虚寒或便溏者慎用。具体用药前应经中医师辨证，根据舌脉、症状判断证型，避免自行用药加重病情。服药期间需忌食辛辣油腻食物，若服用3天后症状未缓解需及时就诊。