肺栓塞通常可以治好，具体预后与病情严重程度、治疗及时性及患者基础健康状况有关。大部分患者经规范治疗后病情可得到有效控制，但少数重症可能遗留后遗症。
1、及时治疗
早期诊断并规范使用抗凝药物（如低分子肝素、华法林、利伐沙班）是治疗关键。发病后6小时内接受溶栓治疗可显著降低肺动脉压力，恢复血流灌注，使75%以上患者获得良好预后。若延误治疗超过48小时，血栓机化率上升至60%，治疗效果将大打折扣。
2、栓塞范围
亚段肺动脉栓塞患者经3-6个月抗凝治疗后，90%以上可完全再通。累及叶动脉的重症患者中，约15%-20%可能出现慢性血栓栓塞性肺动脉高压，此类患者5年生存率约为65%。广泛型肺栓塞合并右心功能不全时，院内死亡率可达30%。
3、基础疾病
恶性肿瘤患者的复发风险较常人高3-5倍，需延长抗凝疗程。存在严重心肺疾病者治疗有效率下降约40%，这类人群需个体化制定治疗方案，必要时考虑介入取栓或下腔静脉滤器植入。
肺栓塞患者应严格遵医嘱完成6个月以上的抗凝治疗，定期复查D-二聚体和CT肺动脉造影。建议每周监测INR值，控制在2.0-3.0之间。日常生活中需避免久坐、脱水等血栓形成诱因，术后患者建议穿着医用弹力袜。若出现呼吸困难加重或胸痛复发，应立即到急诊科就诊。