红芪和黄芪在来源、功效、应用等方面存在一定区别，需根据具体需求合理选用。红芪为豆科植物多序岩黄芪的根，黄芪则是豆科植物蒙古黄芪或膜荚黄芪的根，二者属于不同属的植物。
红芪表面呈灰红棕色，切面纤维性较强，主要含红芪甲苷、芒柄花素等成分，具有补气升阳、托毒生肌的功效，常用于气血不足所致的疮疡久溃不敛。黄芪表面淡棕黄色，质地较柔软，主要含黄芪甲苷、毛蕊异黄酮等成分，长于补气固表、利水消肿，适用于表虚自汗、气虚水肿等情况。
二者均属补气类药物，但红芪性质偏温燥，更侧重托疮生肌，多用于外科疮疡；黄芪性质平和，固表止汗作用显著，应用范围更广泛。需注意阴虚火旺者均需慎用，红芪使用时可配伍滋阴降火药，黄芪常与白术、防风等配伍增强固表功效。具体用药需经中医师辨证，根据体质和证型选择。