巴氏消毒液在正确使用的情况下可以有效灭活艾滋病病毒和梅毒螺旋体。这类消毒液的主要成分是次氯酸钠，能够破坏病原体的蛋白质结构并使其失去活性。
巴氏消毒液的次氯酸钠成分通过氧化作用破坏病毒包膜和细菌细胞膜。艾滋病病毒属于包膜病毒，其外层脂质膜容易被含氯消毒剂穿透，导致病毒核心结构被分解。梅毒螺旋体作为微生物，其细胞壁在有效氯浓度达到0.1%的环境中接触10分钟后即可被完全灭活。
使用时应按照1:99的比例稀释原液，确保有效氯浓度在500-1000mg/L之间。消毒对象表面需保持湿润状态至少5分钟，对于有明显污染物的情况应延长至30分钟。需注意现用现配以保证有效氯浓度，储存时间超过24小时的稀释液杀菌效果会显著下降。
虽然巴氏消毒液能有效灭活这些病原体，但无法替代规范的医疗防护措施。发生高危暴露后应及时进行专业处置，并遵医嘱进行暴露后预防。日常使用消毒液时需做好个人防护，避免直接接触皮肤和黏膜，操作后应及时通风。