长期服用磷脂酰丝氨酸可能会引起胃肠道不适、头痛、失眠等副作用，具体反应与个体差异及服用剂量相关。多数情况下其安全性较好，但特殊人群需谨慎使用。
磷脂酰丝氨酸作为膳食补充剂，常见副作用包括恶心、腹胀等消化道症状，可能与高剂量刺激胃肠黏膜有关。部分人群服用后可能出现神经系统反应，如头痛或入睡困难，这与神经递质调节作用相关。长期过量摄入可能影响凝血功能，尤其与抗凝药物联用时可能增加出血风险。此外，极少数过敏体质者可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应。
孕妇、哺乳期妇女及肝肾功能不全者应避免自行补充。日常服用需严格遵循推荐剂量，若出现持续不适或异常出血症状，应及时停药并就诊。建议在医生或营养师指导下评估个体需求，避免与其他保健品或药物混用。