消化系统通过分解食物、吸收养分及排出废物来影响营养吸收。其功能状态直接决定营养成分的摄取效率，主要涉及消化酶作用、肠道结构及菌群平衡等因素。
1、消化酶分泌
胰腺分泌的胰淀粉酶、胰蛋白酶等能将碳水化合物分解为单糖，蛋白质分解为氨基酸。胃酸激活胃蛋白酶原后，帮助分解食物中的蛋白质结构。若慢性胰腺炎导致酶分泌不足，未被分解的大分子物质将无法被小肠吸收。
2、肠道吸收面积
小肠绒毛表面覆盖的微绒毛形成刷状缘，使吸收面积扩大600倍。绒毛内的毛细血管和乳糜管分别运输水溶性营养素（葡萄糖、矿物质）和脂溶性物质（脂肪酸、维生素A/D）。肠切除术或乳糜泻引起的绒毛萎缩会显著降低吸收效率。
3、肠道菌群调节
结肠内的双歧杆菌等益生菌能发酵膳食纤维产生短链脂肪酸，促进结肠细胞对水分的吸收。部分菌株可合成维生素K、B12等营养素。菌群失衡时，未被分解的乳糖等物质会引起渗透性腹泻，导致营养流失。
维持消化系统健康需注意膳食纤维摄入量每日25-30克，避免长期高脂饮食影响胆汁分泌。出现持续腹泻、腹胀或体重下降时，应及时进行粪便常规、肠镜检查，排查克罗恩病等器质性疾病，必要时在医生指导下使用益生菌制剂或消化酶补充剂。