长期服用甲状腺功能亢进症药物可能导致肝功能损害、白细胞减少、过敏反应、关节疼痛以及甲状腺功能减退等副作用，具体表现因人而异，需遵医嘱监测。
1、肝功能损害
抗甲状腺药物如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶可能引起转氨酶升高或胆汁淤积性黄疸。长期服药期间需定期监测肝功能指标，若出现食欲减退、皮肤黄染等症状，应及时调整用药方案，必要时联用保肝药物。
2、白细胞减少
部分患者用药后可能出现粒细胞缺乏症，表现为发热、咽痛等感染症状。建议治疗初期每1-2周复查血常规，若中性粒细胞计数低于1.5×10⁹/L需立即停药，并给予升白细胞药物治疗。
3、过敏反应
约5%患者会出现皮肤瘙痒、荨麻疹等皮疹反应，严重时可发生剥脱性皮炎。轻度过敏可联用抗组胺药物，若出现广泛性皮损或黏膜受累，需立即停药并更换治疗方案。
4、关节疼痛
药物可能引发免疫反应导致关节炎样症状，常见于大关节如膝关节、肘关节等。通常为一过性表现，若持续存在需排查是否为药物性狼疮等并发症。
5、甲状腺功能减退
过量用药会抑制甲状腺激素合成，出现乏力、畏寒、浮肿等症状。需定期复查甲状腺功能，根据TSH水平调整药物剂量，必要时补充左甲状腺素钠。
用药期间应严格遵循医嘱，不可自行增减药量或停药。建议每月复查血常规、肝功能及甲状腺功能，若出现持续低热、黄疸、严重皮疹等症状需立即就医。对于妊娠期患者，需在医生指导下选择丙硫氧嘧啶等安全性较高的药物。