莱菔子作为传统中药，通常被认为无明显毒性，但需在医生指导下合理使用。其药性平和，常规用量下安全性较高，但过量使用或体质特殊者可能出现不良反应。
莱菔子的主要成分为挥发油、芥子碱等，正常剂量下可发挥消食化积、降气化痰的功效，临床常用于饮食积滞或咳嗽痰多的调理。现代药理研究显示，莱菔子提取物在动物实验中未表现出显著急性毒性反应，符合药用安全标准。但需注意，其含有的芥子苷成分水解后可能产生微量硫氰酸盐，长期过量服用可能影响甲状腺功能。部分敏感人群可能出现腹胀、恶心等消化道不适，气虚久咳者使用不当可能加重症状。
使用莱菔子时应遵循中医辨证原则，建议煎煮前进行炒制以降低刺激性。避免与含人参、黄芪等补气类药物同用。若出现皮疹、腹泻等异常反应需立即停用，并及时向中医师反馈个体反应。特殊人群如甲状腺疾病患者、孕妇使用前应经专业医师评估。