麻黄根和麻黄均来源于麻黄科植物，但药用部位、功效及临床应用存在显著差异。两者的区别主要体现在来源、药性、功效、化学成分以及应用禁忌等方面。
1、药用部位
麻黄以草质茎入药，具有发汗解表的功效；麻黄根则以干燥根及根茎入药，其功效以固表止汗为主。这种“同源异效”现象在中药学中较为特殊，两者作用方向截然相反。
2、药性归经
麻黄味辛微苦、性温，归肺经和膀胱经，具有升散特性；麻黄根味甘涩、性平，归心经和肺经，呈现收敛之性。这种性味差异决定了麻黄主发散、麻黄根主收敛的不同作用特点。
3、有效成分
麻黄含有麻黄碱、伪麻黄碱等生物碱类成分，具有兴奋中枢神经、扩张支气管的作用；麻黄根主要含有麻黄根素、酪氨酸衍生物等成分，具有抑制汗腺分泌的生物活性。现代药理学研究证实，麻黄根的甲醇提取物可降低实验动物体温并减少排汗量。
4、临床应用
麻黄常用于风寒表实证，治疗恶寒无汗、咳嗽气喘等症状，代表方剂如麻黄汤；麻黄根则适用于自汗、盗汗等体虚多汗证，常与牡蛎、浮小麦配伍使用。两者在组方中存在明确的禁忌，如外感风寒伴有自汗者禁用麻黄，阴虚火旺者慎用麻黄根。
5、使用禁忌
麻黄因发汗力强，表虚自汗、阴虚盗汗及高血压患者忌用；麻黄根收敛固涩，外感实热、邪实郁火之汗出者不宜使用。临床报道显示，误用麻黄治疗虚汗证可能导致汗出不止，而错用麻黄根治疗表实证可能延误病情。
需要特别注意的是，麻黄属于国家管制中药材，其用量和适应症有严格规定，需在中医师指导下使用。麻黄根虽然安全性较高，但也不可自行配伍使用。两者外观相似但功效相反，在药材鉴别时需注意根茎与草质茎的形态差异，避免误用导致不良反应。