益生元与益生菌的作用机制不同，通常无法直接比较哪个更有益，需根据个体需求选择。益生菌是活性微生物，可直接补充肠道有益菌；益生元是膳食纤维，可促进有益菌生长。两者配合使用效果更佳。
1、益生菌
益生菌是活性微生物，如乳酸杆菌、双歧杆菌等，能直接定植于肠道，帮助抑制有害菌繁殖，调节肠道菌群平衡。例如，腹泻或便秘时补充益生菌可改善症状，抗生素使用后补充可减轻肠道菌群紊乱。常见的剂型包括益生菌粉、胶囊等，需注意活菌数量和保存条件。
2、益生元
益生元是低聚果糖、菊粉等不可消化的膳食成分，通过选择性刺激肠道内有益菌的生长发挥作用。例如长期饮食不均衡者补充益生元，可改善肠道微生态环境，促进钙、镁等矿物质吸收。日常可通过洋葱、香蕉等食物摄取，补充剂需注意摄入量以避免腹胀。
3、联合使用
益生元与益生菌联用可形成协同作用。益生元作为“养分”可提高益生菌的存活率和定植能力，例如部分益生菌产品会同时添加益生元成分。这种组合对长期肠道功能紊乱、免疫力低下者更有针对性，但需根据医生建议选择合适配比的产品。
日常建议通过酸奶、豆类等食物均衡摄取益生菌和益生元，若需使用补充剂，应根据自身症状和肠道状态，在医生或营养师指导下选择。两者并非替代关系，维持肠道健康需结合饮食、作息等综合调理。