鸡内金作为传统中药材，可能引起胃肠道不适、过敏反应或加重脾胃虚弱等问题，使用时需注意观察身体反应。其副作用通常与个人体质或用药不当有关，建议在医生指导下合理使用。
鸡内金是鸡砂囊内壁的干燥品，中医认为其具有健胃消食、涩精止遗的功效。但在使用过程中，部分人群可能出现腹部胀满、反酸等消化不良症状，这与其中含有的酶类物质刺激胃酸分泌有关。体质敏感者可能发生皮肤瘙痒、红疹等过敏反应，严重时可出现呼吸困难。对于本身存在脾胃虚寒的人群，长期大量使用可能加重腹泻、畏寒等症状。
使用鸡内金时应严格控制剂量，出现轻微胃肠不适时可调整为饭后服用，若症状持续需停药观察。用药期间避免同时食用柿子、浓茶等富含鞣酸的食物，以防影响药效吸收。孕妇、哺乳期女性及儿童等特殊人群使用前应咨询中医师，确保用药安全。