公丁香和母丁香的功效作用存在一定差异，二者虽同属丁香的不同部位，但因药用部位及成分不同，功效侧重有所不同。公丁香为花蕾，母丁香为成熟果实，在中医临床应用中常区别使用。
1、温中降逆
公丁香辛温，归脾、胃、肾经，其挥发油含量较高，能刺激胃黏膜促进消化液分泌，常用于缓解胃寒引起的呕吐、呃逆。母丁香虽也有此效，但作用较弱。
2、散寒止痛
公丁香挥发油中的丁香酚成分具有局部麻醉和镇痛作用，多用于脘腹冷痛、疝气疼痛。母丁香因成分含量较低，散寒效果次于公丁香。
3、温肾助阳
公丁香可入肾经，配伍补骨脂等药物能改善阳痿、宫冷不孕。母丁香因药性沉降，较少用于此症。
4、抑菌消炎
现代研究显示公丁香煎剂对葡萄球菌、结核杆菌等有明显抑制作用，外敷可治皮肤癣症。母丁香的抑菌活性约为公丁香的1/3。
5、醒神开窍
公丁香研末吹鼻可醒脑开窍，用于中风痰厥的急救。母丁香因香气较淡，较少用于急救场景。
建议在中医师指导下根据具体证候选用，二者不宜互相替代。阴虚内热者慎用，避免与郁金同用产生配伍禁忌。外用时需注意浓度配比，防止皮肤刺激。