益生菌活菌与灭活菌的主要区别在于菌体的存活状态以及作用机制。活菌是指具有生命活性的益生菌，而灭活菌是经过灭活处理的非活性菌体，两者在作用方式、适用人群及保存条件等方面存在差异。
1、存活状态
活菌制剂中的益生菌具有代谢活性，进入肠道后可通过定植、繁殖等方式调节菌群平衡。灭活菌的菌体结构完整但无活性，无法在肠道内增殖，主要通过菌体成分刺激免疫系统发挥作用。
2、作用机制
活菌通过竞争性抑制有害菌、分泌抗菌物质直接改善肠道微生态。灭活菌则通过菌体细胞壁成分（如肽聚糖）激活肠道免疫细胞，增强黏膜屏障功能，这种作用不依赖菌体活性。
3、适用人群与场景
活菌制剂适用于需要快速改善腹泻、便秘等肠道功能紊乱的情况，但对储存条件要求较高。灭活菌由于稳定性强，更适合免疫力低下者、早产儿等特殊人群，且可常温保存，适合长期调理使用。
4、保存条件
活菌通常需2-8℃冷藏保存，高温或胃酸易导致失活。灭活菌耐酸、耐高温，常规储存即可保持稳定性，与抗生素联用不受影响。
5、效果持久性
活菌在肠道定植后可能产生较持续的作用，但易受外界因素干扰。灭活菌虽作用时间较短，但可通过规律补充维持免疫调节效果。
选择时需结合个体健康状况：急慢性肠道问题可优先考虑活菌制剂，免疫调节需求或用药期间建议使用灭活菌。使用前应咨询医生或药师，注意查看产品菌株标识及活菌数量，避免与温度敏感药物同储。特殊医疗状况下需在专业人员指导下选择适宜剂型。