噬血细胞综合征的治愈率受多种因素影响，通常原发性的治愈率约为30%-60%，而继发性的治愈率可达50%-70%。具体生存情况需根据病因、治疗时机及个体差异综合评估，部分患者经规范治疗可获得长期缓解。
噬血细胞综合征的预后与病因密切相关。原发性患者多存在基因突变，需进行造血干细胞移植，整体治愈率相对较低。继发性患者若由感染诱发，及时抗感染及免疫调节治疗后缓解率较高；而肿瘤相关者需在控制原发病基础上联合化疗，预后相对较差。
治疗时机是影响生存率的关键因素。早期确诊并接受HLH-94或HLH-2004方案治疗的患者，5年生存率可达55%-70%。延迟治疗可能导致多器官功能衰竭，生存率可能降至30%以下。年龄因素也起重要作用，儿童患者对化疗敏感性较高，成人合并基础疾病时预后较差。
该病治疗需在血液科医生指导下进行，常用方案包括地塞米松、依托泊苷联合环孢素。重症患者需加用甲氨蝶呤或抗胸腺细胞球蛋白。治疗后需定期监测外周血象、铁蛋白及sCD25水平，警惕复发风险。治疗过程中需注意预防卡氏肺孢子虫等机会性感染。