肠道菌群移植通常是安全的，但其安全性需结合操作规范性、供体筛选及受者健康状况等综合评估。在正规医疗机构规范操作的前提下，该技术一般不会引发严重不良反应。
1、操作规范性
规范的肠道菌群移植需在无菌环境下进行，由专业医护人员通过结肠镜或鼻肠管等途径实施。若操作过程未严格遵循消毒流程，可能增加肠道黏膜损伤、局部感染等风险。正规医疗机构的移植操作通常配备完善的院感防控措施，可将风险控制在较低水平。
2、供体筛选
合格供体需经过传染病筛查（如HIV、肝炎病毒）、肠道病原体检测（艰难梭菌、沙门氏菌）及代谢性疾病评估。若供体存在未被发现的感染性疾病或肠道菌群紊乱，可能导致受体发生腹泻、发热等移植相关不良事件。国内医疗机构普遍执行与血制品相当的供体筛查标准。
3、受者健康状况
免疫缺陷患者、严重肠黏膜损伤者进行菌群移植时，发生菌群移位、脓毒血症等并发症的风险相对较高。临床实施前需通过血液检测、影像学检查评估受者肠道完整性及免疫状态，必要时需先行治疗基础疾病再考虑移植。
进行肠道菌群移植前，建议患者向主治医生充分了解移植的适应症与禁忌症，完善相关实验室检查。移植后需密切观察排便情况，若出现持续腹痛、血便或高热等症状应及时就医。临床上该技术已较成熟，在医生指导下规范开展通常能保障安全性。