蒙药和中药均属于传统医学体系，但在理论、药物来源及临床应用等方面存在差异。蒙药以蒙古高原特有的天然药材为主，结合蒙古族传统医学理论，而中药则基于中医理论体系，涵盖更广泛的地域性药材。
1、理论基础不同
蒙药以“三根”（赫依、希拉、巴达干）理论为核心，强调人体与自然环境的平衡；中药则以阴阳五行、脏腑经络学说为基础，注重整体辨证施治。例如蒙药治疗注重调节三根失衡，而中药更偏向调和阴阳。
2、药材来源差异
约30%的蒙药取材于高寒地区特有物种，如沙棘、紫草茸等耐旱植物，多生长于蒙古高原及周边荒漠地带。中药则广泛使用南北地域药材，如人参、茯苓等，涵盖温带至亚热带植被，部分药材需特定海拔环境栽培。
3、炮制工艺区别
蒙药常见奶制法（如用马奶发酵）、盐渍法等独特工艺，如肉苁蓉需经九蒸九晒。中药炮制多采用炒、炙、煅等方法，如熟地黄需九蒸九晒，强调改变药性归经。两者在减毒增效的处理方式上形成不同技术体系。
建议选择药物时，应根据具体病症和体质特点，在蒙医或中医师指导下使用。需注意两种医学体系不宜混用，避免药效冲突，服用期间出现不适应及时就医调整方案。