头部CT和磁共振检查的清晰度通常取决于具体检查部位和目的，两者各有优势。CT在显示急性出血、钙化及骨骼结构方面更优，而磁共振在观察软组织、脑实质病变等方面更清晰。
CT检查对急性脑出血、颅骨骨折等病变敏感度高，成像速度快，适合急诊患者。其利用X线成像，可快速呈现脑部出血灶或骨折线，但软组织分辨率相对较低。磁共振检查通过磁场和射频脉冲成像，无辐射，对脑肿瘤、脑梗死、脑炎等病变的显示更为细致，尤其是对早期脑缺血、微小肿瘤的检测更具优势。
磁共振的多参数成像技术（如T1、T2加权像）可区分不同组织成分，还能进行功能成像评估脑代谢。但检查时间较长，对体内有金属植入物者不适用。CT检查存在辐射暴露，不宜短期内重复进行，且对后颅窝病变因颅骨伪影干扰显示效果较差。
建议根据病情需要选择检查方式，急性外伤或卒中优先选CT，慢性或疑难病变可考虑磁共振。具体需由医生结合症状、病史及临床判断后决定，检查前应主动告知医生相关禁忌证。