整肠生胶囊作为调节肠道菌群的药物，一般具有调节肠道菌群、缓解腹泻、改善消化不良、增强免疫力以及辅助治疗肠道感染等功效和作用。其作为益生菌制剂，主要通过补充有益菌群来维持肠道微生态平衡。
1、调节肠道菌群
整肠生胶囊含有地衣芽孢杆菌活菌，进入肠道后能定植并抑制有害菌生长。该菌可消耗肠道内氧气形成厌氧环境，促进双歧杆菌等厌氧益生菌繁殖，从而恢复肠道菌群平衡。
2、缓解腹泻
药物中的活菌能产生抗菌物质抑制致病菌过度增殖，尤其对轮状病毒、致病性大肠杆菌等引起的感染性腹泻效果显著。临床研究显示其可使急性腹泻病程缩短1-2天。
3、改善消化不良
通过促进消化酶分泌和营养物质的分解吸收，可缓解腹胀、食欲不振等症状。对于功能性消化不良患者，持续用药2周后症状改善率可达75%以上。
4、增强免疫力
地衣芽孢杆菌能激活肠道淋巴组织，促进免疫球蛋白A分泌，增强肠道局部免疫功能。长期服用可降低呼吸道和消化道感染发生率。
5、辅助治疗肠道感染
作为抗生素治疗的辅助用药，可预防抗生素相关性腹泻。在幽门螺杆菌根除治疗中联合应用，能提高根除率并减少药物不良反应。
服用整肠生胶囊期间需注意水温不超过40℃，避免与抗菌药物同服。若正在使用抗生素，建议间隔2小时以上服用。治疗急性腹泻时若48小时内症状无缓解或出现血便，应及时就医进行病原学检查。