葱头发芽后通常可以继续食用，但需观察是否出现腐烂、霉变等情况。发芽过程中营养成分可能有所流失，但一般不会产生有毒物质，剔除发芽部分后仍可食用。
葱头发芽属于植物正常的生理现象，尤其在温暖潮湿的环境中容易发生。发芽后的葱头会消耗部分储存的养分，导致口感变得干瘪，辛辣味减弱，但不会生成对人体有害的成分。若发现葱头仅局部发芽，可将发芽部位切除，剩余部分仍可用于烹调。
若葱头在发芽的同时出现表皮发黑、质地变软、散发异味或可见霉菌斑块，则提示已发生腐败变质。这种情况下会产生黄曲霉毒素等有害物质，即使高温烹煮也难以分解，食用后可能引发腹痛、呕吐等食物中毒症状，需及时丢弃处理。
日常可将葱头存放在阴凉通风处，避免潮湿环境。已经切除发芽部分的葱头建议尽快食用，切割面暴露后更易滋生细菌。对于水培养殖的葱头嫩芽，其生长过程中可能积累亚硝酸盐，建议适量食用。
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