肺部真菌感染通常不能自愈，如果出现肺部真菌感染现象，需要及时抗真菌治疗。
真菌细胞结构相对比较复杂，肺部组织比较脆弱，一旦受到真菌感染，比如念珠菌、曲霉菌、隐球菌等，可能会在肺部组织形成菌丝或孢子，使患者出现频繁咳嗽、咳喘等症状，如果不及时进行治疗，可能还会导致肺部组织发生坏死，对身体健康造成一定损伤，尤其是身体较差的人群。
因此，肺部真菌感染在医学上并不属于可自愈的疾病，出现后可以在医生的指导下使用氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊、伏立康唑片等药物进行改善，有效去除真菌，对病情恢复有一定帮助作用。如果病情程度比较严重，影响到了正常呼吸，还可以通过面罩吸氧或鼻导管吸氧的方式治疗。
在患病过程中要避免吸烟，也要避免接触二手烟，避免导致肺部组织受到二次损伤。日常中要保持良好作息，不要熬夜，外出时可以佩戴口罩，避免吸入异物，影响健康。