木瓜蛋白酶在正常使用范围内对人体一般无害，但过量使用或特殊体质可能引发不良反应。该物质多用于食品加工或医药领域，安全性需结合具体使用情况判断。
木瓜蛋白酶是一种从木瓜中提取的蛋白水解酶，常用于嫩化肉质、促进消化或辅助医药制剂生产。在食品加工中，其添加量通常控制在0.1-0.3g/kg范围内，此剂量经过毒理学评估显示对健康人群无明显危害。但部分人群过量接触可能出现口腔黏膜刺激、胃部灼热感或皮肤瘙痒等反应，尤其对热带水果过敏者更易出现过敏症状。在医疗应用场景中，含木瓜蛋白酶的清创凝胶需严格按创面面积控制用量，开放性伤口过度使用可能延迟愈合。
使用含木瓜蛋白酶的产品前，建议进行皮肤敏感测试。存在消化道溃疡、出血性疾病或过敏史的患者应避免使用相关制品。若用于促进消化，单次摄入量不宜超过500mg，且需避免与抗凝血药物同服。日常饮食中通过食用新鲜木瓜摄入的酶活性物质通常无需担忧安全性问题。