尿道疼痛伴随小便刺痛通常需根据病因选择合适的药物，常见如抗生素、解热镇痛药及中成药等，需在医生指导下使用。例如细菌感染多采用抗菌药物，而疼痛明显时可配合止痛治疗。
若为细菌性尿路感染，一般需遵医嘱使用抗生素控制炎症。常用药物包括左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片等，这类药物能有效抑制大肠埃希菌等常见致病菌的生长。用药期间需注意过敏反应，青霉素过敏者禁用阿莫西林类药物。
疼痛症状明显时，可短期使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等非甾体抗炎药。这类药物通过抑制前列腺素合成减轻尿道黏膜刺激引发的疼痛感，但不宜长期服用，消化道溃疡患者慎用。
对于反复发作或伴有尿频尿急的情况，可能会配合三金片、热淋清颗粒等中成药。此类药物具有清热利湿功效，可辅助缓解尿路刺激症状，但需注意与西药服用间隔至少1小时。
出现上述症状应及时进行尿常规、尿培养等检查明确病原体。治疗期间需保持每日2000ml以上饮水量，避免辛辣刺激饮食。需特别注意，妊娠期女性及未成年患者选择抗生素时需严格遵循医嘱，禁用喹诺酮类药物。自行用药可能掩盖病情或导致细菌耐药，建议症状持续超过24小时或伴随发热时立即就诊。