杏仁核通常位于大脑深部两侧颞叶内侧，属于边缘系统的重要组成部分。其位置相对固定，与多个脑区存在密切联系，具体解剖定位可分为以下方面：
1、颞叶前内侧
杏仁核主体部分嵌入颞叶前内侧皮层下方，在侧脑室下角前端上方约1.5-2厘米处。该区域在冠状切面呈椭圆形结构，通过纤维束与邻近的梨状皮层相连。
2、海马旁回毗邻区
向后与海马头部相接，二者间隔着脉络裂。在三维重建影像中可见杏仁核前缘距颞极约3厘米，下缘靠近颞叶底面。临床MRI矢状位扫描时，可通过视交叉-乳头体连线辅助定位。
3、基底节关联区
向上与尾状核尾部相距约0.8厘米，内侧与屏状核相隔内囊纤维。神经纤维束通过终纹与隔核、下丘脑形成双向联系，这种连接使其在情绪-内分泌调节中起枢纽作用。
若需精确定位杏仁核病变，建议进行3.0T及以上场强的磁共振扫描，薄层冠状位T2加权像能清晰显示其边界。对于癫痫或情绪障碍患者，功能磁共振可辅助评估杏仁核与其他脑区的功能连接状态。