通窍鼻炎颗粒作为中成药，在正确使用的情况下一般安全性较高，但部分患者可能出现胃肠道不适、过敏反应、肝肾功能异常等不良反应。具体表现存在个体差异，与用药剂量、体质等因素相关。
1、胃肠道不适
部分患者服药后可能出现恶心、腹痛、腹泻等症状，可能与药物成分刺激胃黏膜或个体消化系统敏感有关。建议饭后服用以减轻刺激，若症状持续需停药观察。
2、过敏反应
临床可见皮疹、皮肤瘙痒、面部潮红等过敏表现，严重时可能出现呼吸困难。此类反应多发生在过敏体质患者，与药物中含有的苍耳子、辛夷等成分相关，一旦发生应立即停药并就医。
3、肝肾功能异常
长期或过量用药时，极少数患者可能出现转氨酶升高、尿量改变等指标异常。这类反应通常具有可逆性，停药后多能恢复，但用药期间建议定期监测肝肾功能。
需注意，该药物含苍耳子等具有一定毒性的成分，应严格遵循疗程使用。用药期间避免同时服用滋补性中药，以免加重胃肠负担。若出现头晕、心悸等异常症状，或原有鼻炎症状加重，应及时停药并就诊。特殊人群如孕妇、哺乳期女性、儿童等，需在中医师指导下评估用药风险。