甲状腺功能亢进症大多数情况下可以得到有效控制或治愈，但具体预后与治疗方式及个体差异有关。部分患者可能因治疗方式出现甲状腺功能减退等长期影响。
1、药物治疗
抗甲状腺药物是甲亢的常用治疗方法，通过抑制甲状腺激素合成帮助控制病情。规范用药1-2年有较高缓解率，但停药后复发率可达30%-50%，需定期监测促甲状腺激素受体抗体水平。部分患者需长期小剂量维持治疗防止复发。
2、放射性碘治疗
该方法通过破坏甲状腺组织减少激素分泌，治愈率超过90%。但治疗后2-6个月可能出现永久性甲减，发生率随时间推移每年递增约3%，最终约60%患者需要终身甲状腺激素替代治疗。治疗前需评估甲状腺体积和摄碘率。
3、手术治疗
甲状腺次全切除术适用于甲状腺显著肿大或合并结节者，术后甲亢复发率低于5%。但手术相关并发症如喉返神经损伤发生率约1%-2%，甲状旁腺功能减退发生率约10%-15%。术后仍需定期检测甲状腺功能。
甲亢患者治疗期间应遵医嘱规范用药，治疗后每3-6个月复查甲状腺功能。日常注意低碘饮食，避免海带、紫菜等高碘食物。出现怕冷、乏力等甲减症状时应及时就医调整治疗方案，多数患者通过规范治疗可获得良好预后。