同卵双胞胎的DNA并非完全一样。虽然两者来源于同一受精卵分裂，但在胚胎发育过程中可能发生基因突变、表观遗传改变等差异，导致遗传物质存在细微不同。
同卵双胞胎的DNA相似度通常超过99.9%，但仍存在少量差异。受精卵在早期分裂时，细胞分裂过程中可能发生随机突变，这些突变会被分别保留在发育形成的两个胚胎中。随着基因检测技术的进步，研究者已发现同卵双胞胎之间存在单核苷酸多态性差异，平均每人携带约5.2个对方没有的体细胞突变。表观遗传因素如DNA甲基化修饰、组蛋白修饰等也会影响基因表达，导致生理特征或疾病易感性的差异。
若需要进行亲子鉴定或遗传病检测，建议选择具备专业资质的检测机构。对于同卵双胞胎的基因差异研究，目前主要通过全基因组测序等高精度检测手段实现，普通STR检测可能无法有效区分。