男性生殖器疱疹的治疗需结合具体病情，通常包括抗病毒药物、日常护理、物理治疗、免疫调节以及并发症处理等方法。患者应尽早就医，根据医生建议选择适合的治疗方案。
1、抗病毒药物
急性期治疗以口服抗病毒药物为主，如阿昔洛韦片、伐昔洛韦胶囊、泛昔洛韦片等，能抑制病毒DNA复制，缩短病程并降低传染性。用药需遵循足量足疗程原则，即使症状消退也不可自行停药，以防病毒耐药性产生。
2、日常护理
保持生殖器部位清洁干燥，每日用温水清洗并更换纯棉内裤。治疗期间需避免性接触，防止交叉感染。局部出现水疱时不可搔抓，穿着宽松透气的衣物减少摩擦刺激，同时注意规律作息增强免疫力。
3、物理治疗
对于顽固性皮损，可在医生指导下采用氦氖激光或紫外线照射治疗，通过光热效应促进创面愈合。但需严格掌握适应症，急性渗出期不宜使用，操作时注意保护正常皮肤组织。
4、免疫调节
反复发作患者可遵医嘱使用胸腺肽肠溶片、转移因子胶囊等免疫增强剂，调节机体细胞免疫功能。对于每年发作6次以上的患者，可能需要长期抑制疗法，持续用药4-12个月。
5、并发症处理
合并细菌感染时需联用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等抗生素。神经痛明显者可配合普瑞巴林胶囊缓解症状，尿道受累时需进行膀胱冲洗等对症处理。
该病目前尚无法根治，但规范治疗能有效控制症状和减少复发。治疗期间应定期复查HSV抗体滴度，性伴侣需同步检查。出现发热、淋巴结肿大等全身症状或皮损持续加重时，应立即到皮肤性病科就诊。日常需注意避免过度劳累、饮酒等诱发因素，正确使用安全套可降低传播风险。