细菌感染可能遗留器官功能受损、慢性炎症、免疫系统紊乱等后遗症，具体表现与感染部位及治疗情况密切相关。
1、器官功能受损
细菌感染若累及重要器官且未及时控制，可能导致永久性损伤。例如化脓性脑膜炎可能损伤听神经导致听力下降；肺炎可能破坏肺泡结构引发肺功能减退；链球菌感染若引发风湿热，可造成心脏瓣膜损伤形成风湿性心脏病。
2、慢性炎症
部分细菌感染会转为慢性迁延状态。如结核分枝杆菌感染可能形成肺组织纤维化；幽门螺杆菌持续感染可导致胃黏膜萎缩甚至癌变；泌尿系统反复感染可能进展为间质性肾炎，最终影响肾功能。
3、免疫系统紊乱
某些细菌成分可能引发异常免疫反应。如A组链球菌感染后可能诱发风湿热，导致关节和心脏组织自身免疫损伤；耶尔森菌感染可能引发反应性关节炎。这类后遗症常需使用糖皮质激素或免疫抑制剂干预。
发生细菌感染后应及时进行病原学检查，根据药敏结果规范使用抗生素。治疗期间需监测体温、炎症指标及器官功能，尤其是儿童、老年人及免疫力低下者。若出现持续性发热、器官功能障碍等表现，需进行超声、CT等影像学评估。愈后3-6个月应复查相关功能指标，早期发现后遗症。