百会穴的进针深度一般不宜超过1.5~2厘米，具体深度需根据个体差异调整。若进针过深，可能因刺激脑膜或损伤局部组织而引发风险，建议在专业医师指导下操作。
百会穴位于头顶正中，成人头皮至颅骨的厚度约为0.5~1.5厘米，因此进针时需严格控制角度和深度。临床通常采用平刺法，针体与头皮呈15°~30°角，缓慢捻转进针至0.3~0.5寸（约0.5~1.2厘米）。若垂直深刺超过2厘米，可能穿透颅骨缝隙或薄弱区域，导致硬脑膜刺激甚至颅内出血。婴幼儿因颅骨尚未完全闭合，进针深度需更谨慎，一般不超过0.3厘米。
针灸操作前应评估患者颅骨发育情况，有颅脑手术史、颅内压增高或局部感染者需提前告知医生。治疗过程中若出现头痛、恶心等异常反应，应立即停止操作并及时就医处理。