复方氯己定含漱液一般不能直接治疗口腔疱疹，但可能作为辅助治疗手段帮助缓解症状。该药物主要用于细菌感染相关口腔问题的辅助处理，而口腔疱疹通常由病毒感染引起。
口腔疱疹主要由单纯疱疹病毒1型感染引发，属于病毒性感染。复方氯己定含漱液的主要成分葡萄糖酸氯己定和甲硝唑具有广谱抗菌作用，可抑制细菌生长并减少口腔内微生物数量。对于疱疹继发的细菌感染，该药物可帮助控制局部炎症，但对于病毒本身无杀灭作用。
若确诊为口腔疱疹，建议在医生指导下使用阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦凝胶等抗病毒药物进行针对性治疗。伴有明显疼痛时可短期使用利多卡因凝胶等表面麻醉剂，合并细菌感染者可配合使用西吡氯铵含片。日常需保持口腔清洁，避免抓挠疱疹部位。
用药需严格遵循医嘱，不可自行延长使用周期。若使用复方氯己定含漱液后症状未缓解或加重，应及时停药并到口腔科就诊，通过病毒检测明确病原体类型，调整治疗方案。