包皮龟头炎患者通常需根据感染类型遵医嘱使用抗生素、抗真菌药或抗病毒药物，同时结合外用药物进行治疗。具体用药方案需根据病原体检测结果确定，避免自行用药。
细菌感染引起的包皮龟头炎常选择抗生素治疗，例如头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星片等。这类药物能有效抑制金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌的生长。真菌性龟头炎多由白假丝酵母菌导致，可口服氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊，配合外用克霉唑乳膏。病毒感染如单纯疱疹病毒需使用抗病毒药物，例如阿昔洛韦片、伐昔洛韦片等，能抑制病毒DNA复制。
局部用药是重要治疗手段，红霉素软膏适用于细菌感染引起的红肿，克霉唑乳膏对真菌感染有直接杀灭作用。急性期渗出较多时可使用硼酸洗液湿敷，慢性期皮肤增厚可短期应用氢化可的松乳膏。需注意激素类药物不能单独长期使用。
若反复发作或存在包皮过长，医生可能建议包皮环切术。术后需配合头孢地尼等抗生素预防感染，保持切口清洁干燥。治疗期间应暂停性生活，每日用温水清洗患处，避免使用刺激性洗剂。出现药物过敏反应或症状加重时需立即停药就诊。