慈菇的食用禁忌主要包括脾胃虚寒者慎食、需焯水处理以及可能影响抗凝药物效果等。日常食用时需注意合理搭配与适量摄入，特殊人群应咨询医生建议。
慈菇性质偏寒凉，过量食用可能刺激胃肠道，引发腹痛或腹泻等不适症状。对于本身存在脾胃虚弱、经常腹泻的人群，建议减少摄入量，以免加重消化系统负担。此外，其草酸含量较高，直接大量食用可能干扰钙、铁等矿物质吸收，甚至增加结石风险。
慈菇表皮和芽眼部位含有微量天然生物碱成分，体质敏感者接触后可能出现皮肤瘙痒反应。正确的处理方式是用流水冲洗表面泥土，切除顶部芽眼，并在沸水中焯烫1-2分钟，这样既能去除部分草酸，又能降低致敏风险。需要特别注意的是，正在服用华法林等抗凝药物的患者，由于慈菇含有维生素K成分，可能影响药物抗凝效果，建议在医生指导下调整饮食结构。
日常食用慈菇可搭配温性食材如生姜、猪肉等平衡寒性，单次摄入量控制在150克以内较为适宜。若食用后出现明显过敏症状或持续性腹部不适，应及时停止摄入并就医检查。特殊疾病患者及孕妇群体在食用前，最好先进行营养科咨询。