归芍地黄丸和六味地黄丸在调节内分泌方面的不同主要体现在药物组成、适应症及作用特点上。归芍地黄丸适用于肝肾阴虚合并血虚的情况，而六味地黄丸侧重于单纯的肾阴虚证型。
1、药物组成不同
六味地黄丸由熟地黄、山茱萸、山药、泽泻、牡丹皮、茯苓组成，以滋补肾阴为主。归芍地黄丸在六味基础上加入当归、白芍，在滋阴的同时兼具补血柔肝功效，组方中当归能补血活血，白芍可养血敛阴。
2、适应症差异
六味地黄丸主要针对肾阴亏损引起的腰膝酸软、潮热盗汗、头晕耳鸣等症，通过调节下丘脑-垂体-靶腺轴功能改善内分泌紊乱。归芍地黄丸更适用于肝肾两虚合并血虚证，如女性月经量少、经期头痛、视物昏花等伴随阴血不足的内分泌失调症状。
3、作用机制区别
六味地黄丸通过调节环磷酸腺苷/环磷酸鸟苷比值平衡，改善肾上腺皮质功能。归芍地黄丸中的当归含阿魏酸等成分可双向调节雌激素水平，白芍总苷具有免疫调节作用，在纠正内分泌失衡的同时能改善贫血状态。
两种药物均需在中医辨证指导下使用。肾阳虚证见四肢发凉、畏寒怕冷者不宜服用，糖尿病患者应注意制剂中的含糖剂型。具体用药方案应根据个体体质差异、具体症状表现及实验室检查结果，由专业中医师综合判断后选择。