毛囊炎的治疗药物需根据病因和病情严重程度选择，通常包括外用抗生素、抗真菌药物、糖皮质激素类药物以及中成药等。患者应在医生指导下规范用药，避免自行调整药物种类或疗程。
毛囊炎多为细菌或真菌感染毛囊引起，轻度患者可首选外用抗生素药膏，如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等，通过抑制细菌蛋白质合成控制感染。若存在真菌感染证据，可选用酮康唑乳膏、联苯苄唑乳膏等抗真菌药物。伴有明显红肿或瘙痒时，短期使用丁酸氢化可的松乳膏等弱效糖皮质激素有助于缓解炎症反应。部分中成药如金黄膏、复方黄柏液涂剂具有清热解毒作用，可作为辅助治疗。
需特别注意，糖皮质激素类药物连续使用不宜超过2周，面部等皮肤薄弱部位慎用。治疗期间应保持患处清洁干燥，避免搔抓和挤压。如用药3-5天后症状无改善或出现化脓、发热等情况，应及时复诊调整治疗方案。不同类型的毛囊炎疗程存在差异，细菌性感染通常需1-2周，真菌性感染可能需要持续用药4周以上。