花甲过量摄入可能会引发消化不良、重金属蓄积、过敏反应、高尿酸血症以及营养失衡等问题。日常需注意适量食用，特殊人群应谨慎选择。
花甲富含蛋白质和甲壳素，过量食用会加重胃肠负担，导致腹胀、腹痛或腹泻。其高嘌呤特性可能促使尿酸水平升高，诱发痛风发作。由于属于滤食性贝类，长期生活在近海的花甲可能蓄积铅、镉等重金属，过量摄入会增加肝肾代谢压力。部分人群对甲壳类动物蛋白敏感，可能引发皮肤瘙痒、荨麻疹甚至喉头水肿等过敏反应。
建议每周食用量不超过500克，烹饪前充分清洗并高温煮熟以降低微生物污染风险。痛风患者、过敏体质者及孕妇需谨慎食用。若出现持续腹痛、关节疼痛或皮疹等症状，应及时就医进行肝功能、肾功能及过敏原检测，必要时遵医嘱使用蒙脱石散、氯雷他定片等药物缓解症状。