皮脂腺囊肿一般不能单纯通过药物治疗达到彻底消除的效果，但某些情况下药物可以辅助控制症状。若继发细菌感染，可能需要使用抗生素；若囊肿较小且无症状，通常无需特殊处理；若囊肿体积较大或反复感染，则需手术切除。
药物治疗主要用于皮脂腺囊肿合并细菌感染的情况。例如，当局部出现红肿、疼痛或化脓时，医生可能会开具头孢克肟片、阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等抗生素控制感染。这类药物需遵医嘱规范使用，避免自行滥用导致耐药性。
对于体积较小且无不适的皮脂腺囊肿，通常建议观察处理而非药物治疗。日常注意保持皮肤清洁，避免反复挤压刺激囊肿部位。若囊肿逐渐增大影响外观，或频繁继发感染，则需通过外科手术完整切除囊壁，这是目前唯一能根治的方法。
皮脂腺囊肿患者应及时到皮肤科就诊，由医生评估是否需要用药或手术。抗生素仅用于明确感染的情况，不可作为预防性用药。术后需定期换药并保持伤口干燥，降低复发风险。