HLA与自身免疫病的关联主要涉及基因易感性、抗原呈递异常及免疫调节失衡等方面。研究表明，特定HLA基因型可能增加个体对某些自身免疫病的易感性，并参与疾病的发生发展过程。
1、基因易感性
部分HLA等位基因与自身免疫病风险显著相关。例如，HLA-B27与强直性脊柱炎的关联性已被证实，携带该基因型的个体患病风险显著升高。类似地，HLA-DR4与类风湿性关节炎、HLA-DQ2/DQ8与乳糜泻等也存在明确相关性。这些基因变异可能通过改变抗原结合能力或免疫反应强度影响疾病发生。
2、抗原呈递异常
HLA分子在抗原呈递过程中起关键作用。某些HLA变异体可能错误呈递自身抗原，导致T细胞对自身组织产生免疫应答。如1型糖尿病中，HLA-II类分子异常呈递胰岛β细胞抗原，引发自身反应性T细胞活化并破坏胰岛素分泌细胞。
3、分子模拟机制
部分病原体抗原与HLA-自身抗原复合物结构相似，可能引发交叉免疫反应。这种分子模拟现象在风湿热等疾病中较为典型，链球菌抗原与心脏组织抗原的相似性导致免疫系统错误攻击心肌组织。
4、表位扩展现象
HLA介导的持续性抗原呈递可能引发表位扩展，即免疫反应从针对单一抗原扩展到多个自身抗原。这在系统性红斑狼疮等疾病中尤为明显，最终导致多器官受累的广泛自身免疫反应。
对于有自身免疫病家族史或相关症状者，可考虑在医生指导下进行HLA基因检测辅助诊断。但需注意，HLA基因型仅是风险因素之一，环境触发因素和免疫调节机制共同影响疾病进程。确诊需结合临床表现和实验室检查综合判断，治疗应遵循个体化方案。