艾普拉唑和奥美拉唑均属于质子泵抑制剂，但两者的化学结构、作用特点及临床应用存在一定差异。主要区别体现在起效速度、代谢途径、抑酸持续时间及不良反应发生率等方面。
艾普拉唑的化学结构经过改良，对胃壁细胞质子泵的抑制活性更强。其起效时间约为1-2小时，抑酸作用可持续约23小时，且个体差异较小。该药物主要通过CYP3A4酶代谢，与经CYP2C19代谢的药物相互作用较少，适合需要长期治疗或合并多种用药的患者。奥美拉唑作为第一代质子泵抑制剂，起效时间约2-3小时，抑酸持续时间约16-18小时，主要通过CYP2C19代谢，存在明显的个体疗效差异，部分患者可能出现疗效下降。
在适应症方面，两者均可用于胃食管反流病、消化性溃疡等酸相关疾病，但艾普拉唑对夜间酸突破的控制效果更优。奥美拉唑因上市时间较长，临床数据更丰富，被广泛用于幽门螺杆菌根除治疗。不良反应方面，艾普拉唑引起头痛、腹泻等副作用的概率约为3%-5%，奥美拉唑约为5%-8%，长期使用均需注意维生素B12缺乏风险。
选择药物时需综合考虑病情特点、用药史和经济因素。建议在消化科医生指导下，根据胃镜检查结果、24小时胃酸监测数据等选择合适药物，治疗期间定期复查肝肾功能，避免擅自调整用药方案。