南五味子和北五味子功效各有侧重，不能简单比较强弱。北五味子以收敛固涩见长，南五味子则更擅长活血止痛，需根据具体病情选择。
1、收敛固涩
北五味子味酸涩，入肺、肾经，其收敛作用较强，常用于肺虚久咳、肾虚遗精等症。例如慢性咳嗽伴随气短时，其酸涩之性可固摄肺气；肾气不固导致的夜尿频多，配伍益智仁可增强缩尿效果。
2、益气生津
北五味子含有机酸及木脂素类成分，能促进唾液分泌，改善口干症状。对于热病伤津导致的口渴多饮，常与麦冬、天花粉同用，其生津效果在暑热伤津的调理方案中应用广泛。
3、活血止痛
南五味子辛散温通，所含挥发油成分具有行气活血作用。针对气滞血瘀型痛经，配伍当归、川芎可增强调经止痛效果；跌打损伤初期局部肿痛，外敷南五味子捣碎外敷能促进瘀血消散。
4、宁心安神
北五味子对中枢神经系统具有双向调节作用，所含五味子甲素能改善睡眠质量。心肾不交导致的失眠多梦，与酸枣仁、柏子仁配伍使用，可缩短入睡时间并延长深度睡眠阶段。
5、抗氧护肝
两种五味子均含五味子醇甲等保肝成分，但北五味子中木脂素含量更高。实验显示其提取物对四氯化碳致肝损伤模型大鼠的ALT降低幅度达42%，在肝纤维化早期干预中显示更好的细胞保护作用。
选择药材时应考虑体质差异，阴虚火旺者慎用北五味子，孕妇忌用南五味子。建议使用前咨询中医师，根据舌脉特征进行配伍，常规用量3-6克为宜，需注意久服可能引起胃脘不适。