菠萝蜜核一般不建议直接生吃。其外壳较为坚硬，直接生吃可能会引发消化不适，并且口感较为苦涩。
1、消化困难
菠萝蜜核的外壳较为坚硬且含有较多粗纤维，直接生吃时可能难以被牙齿充分咀嚼，导致进入消化道后不易被消化酶分解，容易引起腹胀、腹痛等消化不良症状。对于胃肠功能较弱的人群，还可能诱发或加重胃肠道疾病。
2、潜在毒性
菠萝蜜核含有微量的氰苷类物质，这类成分在未经过高温烹煮的情况下可能分解产生氢氰酸。虽然含量较低，但若大量生吃可能导致头晕、恶心等轻微中毒反应。通过充分加热可有效降解这类物质，降低食用风险。
3、口感问题
生菠萝蜜核质地坚硬且味道苦涩，直接食用时难以获得良好的口感体验。经过水煮、烘烤或炖汤等方式烹饪后，其质地会变得绵软，淀粉类物质转化为甜味成分，更符合大众口味偏好。
日常食用菠萝蜜核建议先洗净后煮沸15-20分钟，待其外壳裂开、果仁变软后剥壳食用。若在食用后出现腹痛、呕吐等异常反应，应及时就医排查过敏或中毒可能。储存时可将其晾干后置于阴凉通风处，避免霉变。