土茯苓与茯苓在来源、性味归经及功效上存在明显差异，临床应用的侧重点也不同。土茯苓为百合科植物光叶菝葜的根茎，茯苓则为多孔菌科真菌茯苓的菌核，两者均性平味甘淡，但归经和主治病症有别。
1、湿热毒邪病症
土茯苓归肝胃经，长于解毒除湿，适用于梅毒、湿疹瘙痒、痈肿疮毒等湿热毒邪证。例如梅毒患者出现皮肤溃烂时，常配伍金银花、白鲜皮使用。茯苓则归心脾经，更侧重利水渗湿，多用于水肿尿少、痰饮眩晕等水湿停滞证，如五苓散中茯苓配伍猪苓、白术。
2、关节病症
土茯苓具有通利关节功效，对湿热痹阻引起的关节红肿疼痛有效，现代常用于痛风性关节炎，可配合黄柏、苍术。茯苓无直接通络作用，但可通过健脾渗湿辅助改善关节肿胀，常与薏苡仁、防己同用。
3、心神不宁证
茯苓能宁心安神，适用于心脾两虚所致的心悸失眠，如归脾汤中与人参、酸枣仁配伍。土茯苓无安神功效，其解毒作用更适合治疗因热毒引起的烦躁不安，多与黄连、栀子配合使用。
需注意，土茯苓含落新妇苷等成分，肝肾疾病患者需控制剂量；茯苓多糖有免疫调节作用，但阴虚者不宜过量。临床应根据湿热毒邪或水湿停滞的病机特点选择，建议在中医师辨证指导下规范用药。