赤茯苓和白茯苓均为多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，但在来源、功效及应用方面存在差异。两者在中医中的区别主要在于来源不同、功效侧重不同以及应用范围不同，需在医生指导下辨证使用。
赤茯苓是茯苓菌核近皮部的淡红色部分，其性味甘、淡、平，归心、肺、脾、肾经，具有清热利湿的功效。临床多用于湿热蕴结引起的小便不利、淋浊等症，如湿热下注导致尿频尿急时，常与车前子、木通等药物配伍。白茯苓是茯苓菌核内部的白色部分，其性味相同但更侧重健脾益气、利水渗湿。适用于脾虚湿盛引起的食少便溏、水肿胀满，如脾虚导致腹泻时，常与白术、山药等药物同用以增强健脾效果。
两者虽均有利水作用，但白茯苓以健脾为主，赤茯苓以清利湿热见长。使用时应根据体质和证型选择，湿热体质或湿热证候者适合赤茯苓，而脾虚湿盛者更适合白茯苓。若存在水肿兼有脾虚和湿热的情况，可在方剂中配伍使用。日常使用需注意避免过量，阴虚火旺或无湿热者慎用赤茯苓，肾虚滑精者慎用白茯苓。具体用药方案建议经中医师辨证后制定。